隐睾症的睾丸在出生六个月後,电子显微镜下即可发现不正常的变化;在一岁以前,正常下降睾丸与隐睾的造精细胞数量约略相等;但是两岁之後隐睾的造精细胞数量明显减少,有五分之一的隐睾已经丧失造精细胞;到了成年期,大概所有的隐睾的造精细胞都已经消失了。另外,两侧隐睾之不孕机率远高於单侧隐睾。
过去,多数的专家认为应该在一岁至两岁之间施行手术,将未下降之睾丸拉至阴囊内,这就是睾丸固定术。现在有许多人基於电子显微镜下的不正常的变化,认为应提早到六个月大就手术。这个手术是在患侧腹股沟做一个横向切开,由此伤口找到睾丸、血管与输精管,再将血管与输精管外围之腹膜与结缔组织剥离,此时血管与输精管的长度变长,使得睾丸有足够长度可以顺利带入阴囊。此时在阴囊做另外一个切口,将睾丸固定於阴囊内。
腹腔内隐睾症患者,由於睾丸深藏腹腔内,因此必须将腹腔打开找睾丸,传统手术伤口较大,破坏也多。腹腔镜的应用避免了此一问题。腹腔镜可在腹腔内将血管与输精管外之腹膜与结缔组织剥离,使血管与输精管长度足够带到阴囊。目前是腹腔内隐睾症之最佳手术选择。另外有少数人其实睾丸已经退化萎缩,外观一如普通隐睾症患者。触诊或是其他检查也是察觉不到睾丸,快速的腹腔镜检查可以避免徒劳无功而且耗时的腹股沟或是腹腔探查手术。