预防接种是预防百日咳的最好方法。在小儿出生后2-3月开始,每隔4周注射一针百白破三联疫苗,连续3次。一年后首次进行强化注射,4-6岁再进行第二次强化注射。由于百日咳疫苗偶然可引起肌肉抽搐、脑病或过敏反应,因此对有惊厥病史或进行性神经系统疾病患儿应慎重使用疫苗。近年正在研究dna重组疫苗,不良反应很少,临床不久就可推广。对未能接受自动免疫的体弱幼儿可以给予百日咳免疫球蛋白1毫升,隔日肌肉注射,连续3次。
百日咳在最初2、3周内传染性很强,在托幼机构中若发现已接触的易感患儿可以用药物预防,口服红霉素类或复方新诺明效果较好。