如果链球菌、梭形杆菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、厌氧菌等多种细菌混合感染,或者患者本身患有粒性白细胞缺乏症、白血病、糖尿病、坏血病等全身基础疾病时,可以出现咽喉部粘膜呈现坏死性炎症。病变常起始于腭扁桃体及其邻近组织,继而向口腔、软腭、鼻咽、口咽、喉咽或咽旁间隙发展。起初病理变化限于粘膜及粘膜下层,然后深入肌层。坏死组织呈暗黑色或棕褐色,表面有伪膜覆盖。颈淋巴结常被侵及。严重者可引起软腭穿孔,如侵入喉部可出现声音嘶哑和呼吸困难。咽侧大血管被侵蚀则可发生大出血。细菌可以通过颈部间隙扩散导致颈部蜂窝组织炎,或者咽旁间隙脓肿,继而出现全身脓毒血症。感染如果不能控制,可以进一步加剧形成纵膈感染。少数患者可以出现心肌炎表现。
此外,部分急性咽炎呈现水肿改变或继发于喉血管神经性水肿。亦可单独发生,但较少见,且易向喉部发展,而引起窒息。患者发病前多有鸡蛋、牛奶、花生或者水果的摄入史。急性水肿性咽炎病变主要累及软腭、扁桃体区及喉入口处。咽部粘膜水肿发生很快,呈灰白色,半透明肿起,无炎症表现。发病初期,患者觉咽部有异物感,然后迅速发生吞咽困难、呼吸困难,严重时喉入口被阻塞,发生窒息。