沙眼衣原体引起的疾病范围广泛,可累及眼、泌尿生殖道和其他脏器。在女性,引起的疾病包括有症状和无症状的宫颈炎、急性输卵管炎,并可继发不孕。
在男性,引起的疾病包括有症状和无症状的尿道炎和急性附睾炎,男女均可发生衣原体性直肠炎。生殖道衣原体感染还可引发反应性关节炎,而l型沙眼衣原体引起的性病性淋巴肉肿,可表现为无痛性生殖器溃疡,亦能发展为淋巴结炎及生殖道——肛门直肠综合征。
沙眼衣原体也可母婴传播,引起胎儿和新生儿感染,影响优生优育。沙眼衣原体通过胎盘感染胎儿,可引起早产、低出生体重和胎膜早破,还可能导致自然流产。而经产道传播给新生儿,则可引起新生儿眼炎及新生儿肺炎。